El IMIM fue creado por el Ayuntamiento de Barcelona en 1947, tras una sugerencia del profesor Nauck, jefe del Tropeninstitut de Hamburgo, al Dr. Trias de Bes, director del Hospital de Infecciosos (hoy Hospital del Mar). Gracias al soporte del Dr. L. García Tornel, entonces Teniente de Alcalde de Sanidad, su creación se hizo realidad. Todo empezó por un encargo que se le hizo en 1945 al Dr. Trias, para una ponencia sobre endocarditis lentas que se iba a presentar en el Congreso de Cardiología que se celebraría en 1947 en Barcelona.

El Dr. Trias encargó la parte experimental a los Drs. J. Gras y A. Foz, cuya aportación científica fue reconocida posteriormente con el impulso del Instituto de Investigación.