El IMIM fue creado por el Ayuntamiento de Barcelona en 1947, tras una sugerencia del profesor Nauck, jefe del Tropeninstitut de Hamburgo, al Dr. Trias de Bes, director del Hospital de Infecciosos (hoy Hospital del Mar), y su creación surgió gracias al soporte del Dr. García Tornel, entonces Teniente de Alcalde de Sanidad del Ayuntamiento de Barcelona.
La consolidación del IMIM como centro de investigación y de docencia se llevó a cabo en la década 60-70, bajo la dirección de los doctores Amadeo Foz y Jordi Gras, destacando el Dr. Foz en el año 1971 con el estudio del brote de cólera que hubo ese año.
En 1984 se constituyó el IMAS como organismo autónomo de la asistencia sanitaria municipal, hecho que favoreció el despliegue de una política de investigación específica en los hospitales municipales y el establecimiento de un presupuesto específico.
En 1991 el IMIM es acreditado por el Consejo de Universidades como Instituto Universitario, y en el año 1992 el laboratorio antidopaje del IMIM se encarga de la realización de las pruebas de dopaje de los Juegos Olímpicos y Paralímpicos organizados en Barcelona.
En abril del año 2000 se firma un convenio de colaboración conjunta entre el Ayuntamiento de Barcelona, los Departamentos de "Universitats, Recerca i Societat de la Informació" y de "Sanitat i Seguretat Social" de la Generalitat de Catalunya, la Universitat Pompeu Fabra y el IMAS, para la creación y puesta en marcha del Parc de Recerca Biomèdica de Barcelona (PRBB); y en julio de ese mismo año el IMIM se adscribe como Instituto Universitario a la Universidad Pompeu Fabra (UPF) por decreto de la Generalitat de Catalunya.
Desde el mes de octubre del año 2006, el IMIM se encuentra ubicado en las dependencias del Parque de Investigación Biomédica de Barcelona (PRBB).
El 16 de diciembre de 2013, el Comité de Acreditación del Instituto de Salud Carlos III (ISCIII) aprobó la acreditación del IMIM como Instituto de Investigación Sanitaria, la cual fue ratificada por la Secretaría de Estado de Investigación, Desarrollo e Innovación por la Orden de 17 de febrero de 2014.
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