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01/03/2010 - Información general

iPHACE, un software que permite explorar visualmente el espacio farmacológico

iPHACE captura la información de la combinación de diferentes fuentes de datos

El 15 de febrero, la revista internacional Bioinformatics, una de las mejores en el ámbito de las matemáticas y la biología computacional, publicó un artículo sobre una aplicación web desarrollada por el Laboratorio de Quimiogenómica, dirigido por Jordi Mestres, dentro del Grupo de Investigación en Informática Biomédica (GRIB) del IMIM-UPF.

Con el título "iPHACE: integrative navigation in pharmacological space" el artículo describe las funcionalidades de esta nueva herramienta que permite explorar de una manera gráfica el espacio generado por las interacciones de los fármacos con las proteínas para las cuales tienen afinidad.

Históricamente, los pocos recursos dedicados al estudio de los perfiles farmacológicos sobre amplios conjuntos de proteínas y los altos costes de estos experimentos, han llevado a la idea de que los fármacos actuaban selectivamente sobre una o pocas proteínas diana. Actualmente, el abaratamiento de estos costes y la aparición de diferentes iniciativas para compilar información pública hasta ahora dispersa en artículos de este campo han resultado en la creación de grandes repositorios de datos de interacción que crecen día a día.

Estos datos son habitualmente consultables en sitios web independientes pero para poder analizar este gran volumen de información y tener una idea global es necesario el desarrollo de nuevas herramientas integradoras. Con esta intención se desarrolló iPHACE que en una primera versión contiene información de aproximadamente 750 fármacos hacia unas 180 proteínas diana.

El primer paso consiste en capturar la información relevante contenida en los diferentes sistemas informáticos de almacenamiento o repositorios y darle un formato común. Después, los diferentes elementos se ordenan según esquemas de clasificación adecuados y se presentan al usuario para que pueda extraer la información asociada. Una vez hecho esto, se cargan todos los datos en la base de datos de la herramienta y a partir de ese momento ya se puede consultar libremente a través de la web.

iPHACE permite, por ejemplo, ver la lista de proteínas asociadas a los fármacos que tienen afinidad por una proteína diana concreta. Al mismo tiempo, aplicando un filtro estructural, se puede estudiar cuáles son las proteínas diana de los fármacos que contienen una estructura química determinada. Yendo más allá, una de las características más innovadoras de esta aplicación es la posibilidad de comparar los perfiles farmacológicos de los diferentes fármacos, lo que permite resaltar relaciones que si se consideraran las afinidades individualmente pasarían inadvertidas.

Trabajo de referencia:

Ricard Garcia-Serna, Oleg Ursu, Tudor I. Oprea and Jordi Mestres (2010), "iPHACE: integrative navigation in pharmacological space", Bioinformatics, doi: 10.1093/bioinformatics/btq061.

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