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29/06/2023 - Información general

Culmina el proyecto europeo eTRANSAFE para compartir datos sobre la seguridad de los medicamentos

El proyecto, co-coordinado por el catedrático de la UPF, Ferran Sanz, ha contado con la participación de numerosos miembros del GRIB; el programa de investigación en bioinformática médica de la UPF y el Hospital de Mar Research Institute, así como de la spin-off Med Bioinformatics Solutions, surgida del mismo programa.

Foto de recurso. Crédito: Unsplash.

eTRANSAFE, el proyecto europeo para compartir datos sobre la seguridad de los medicamentos, ha llegado a buen puerto. El proyecto ha integrado, en una única plataforma, datos de más de 10.000 estudios farmacológicos de compañías farmacéuticas de referencia, provenientes de una docena de bases de datos que agrupan información pública y privada de estudios clínicos y preclínicos. El proyecto también ha desarrollado 'Flame', una aplicación de aprendizaje automático de código abierto que permite predecir si futuros medicamentos presentarán efectos adversos.

En el proyecto eTRANSAFE, han participado trece compañías de la industria farmacéutica y una decena de instituciones académicas, entre las que destaca el GRIB; el programa de investigación en bioinformática médica del Departamento de Medicina y Ciencias de la Vida (MELIS) de la UPF y el Hospital de Mar Research Institute y la spin-off MedBioinformatics Solutions, surgida del mismo programa.

"Compartir datos está al orden del día. En el mundo académico, los datos abiertos son relativamente habituales pero en el mundo de la empresa es más complicado", explica Ferran Sanz, catedrático de la UPF y coordinador de la Unidad de Investigación en Informática Biomédica del GRIB. "A pesar de todo, puesto que la seguridad de los medicamentos no es el principal ámbito de competencia en la industria farmacéutica, la posibilidad de compartir datos es más viable, y de aquí nació eTRANSAFE. De la oportunidad de compartir datos y la necesidad de poder hacer mejores predicciones de la toxicidad en futuros medicamentos", añade, Sanz, que ha sido coordinador académico del proyecto.

Los resultados del proyecto eTRANSAFE, publicados en la revista Nature Reviews Drug Discovery, han conseguido agrupar la información de más de 10.000 estudios de toxicología realizados por trece compañías farmacéuticas de referencia, como por ejemplo Bayer, Roche o Boehringer. Los datos recogidos, junto con otros datos provenientes de bases de datos públicas, se han bolcado a la plataforma ToxHub; un sistema único creado para que todos los miembros del proyecto puedan explorar y explotar la información sobre seguridad farmacológica.

El consorcio ha conseguido recoger datos estandarizados de estudios preclínicos, hechos en animales, y clínicos y de farmacovigilancia, en humanos, que se han extraído electrónicamente para minimizar el error humano. Ahora bien, para poder comparar todos los resultados el consorcio ha tenido que desarrollar un servicio informático de "traducción" de conceptos preclínicos y clínicos estandarizados que han publicado en acceso abierto.

"Cuando en estudios con animales vemos el comportamiento de rascarse, lo tendríamos que asociar al que en clínica denominamos prurito. Por eso había que tener una herramienta para equiparar estos conceptos y poder comparar los resultados de los estudios hechos con animales con los humanos.", explica Sanz.

El análisis conjunto de datos de estudios preclínicos y clínicos ha permitido identificar que no siempre los animales más próximos a los humanos son los más adecuados para predecir los efectos de un medicamento en nuestra especie. Por ejemplo, las ratas han resultado predecir mejor que los primates las reacciones cutáneas que pueden causar los inhibidores de quinasas, unos fármacos muy utilizados en el tratamiento contra el cáncer.

En el marco de este proyecto, desde el GRIB también se ha desarrollado 'Flame'. Una aplicación de aprendizaje automático y de código abierto para construir, mantener y compartir de manera sencilla modelos que predicen las propiedades biológicas de nuevos compuestos. "Con esta aplicación podemos compartir, en cuestión de minutos, un modelo desarrollado en la universidad con una empresa farmacéutica", explica Manuel Pastor, profesor de la UPF y jefe del Grupo de Farmacoinformática al GRIB, que ha liderado el desarrollo de Flame.

La aplicación, que puede ser instalada tanto en un portátil como en grandes servidores de la nube, "presenta de manera sencilla y visualmente atractiva un software muy sofisticado, para que cualquier persona investigadora los pueda utilizar". 

En los seis años que ha durado el proyecto, también se ha hecho un prototipo para estudiar los animales control virtuales, o con la colaboración de socios como MedBioInformatics Solutions, se han desarrollado herramientas bioinformáticas para identificar biomarcadores mecanísticos, que aportan información sobre el mecanismo por el cual un fármaco causa efectos adversos y herramientas de minería de texto para identificar los biomarcadores utilizados en ensayos clínicos.

Todas estas herramientas y las bases de datos desarrolladas por eTRANSAFE, quedarán permanentemente almacenadas en la UPF que es el último "honest broker" del proyecto.

"El proyecto ha conseguido muchos de los objetivos propuestos desde el inicio y ha permitido establecer un contacto directo con las empresas farmacéuticas y desarrollar productos en base a sus necesidades reales.", concluye Laura Furlong, cofundadora y directora científica de la spin-off del GRIB, MedBioinformatics Solutions.

eTRANSAFE ha sido financiado con 40 millones de euros por la iniciativa europea sobre medicamentos innovadores que recibe un 50% de financiación de la Unión Europea y un 50% de financiación privada. La UPF, el Hospital de Mar Research Institute y la spin-off MedBioInformatics Solutions, han recibido más de tres millones de euros.

Artículo de referencia: 

Sanz, F, et al., 'eTRANSAFE: data science to empower translational safety assessment'. Nature Reviews Drug Discovery. June 2023. DOI: 10.1038/d41573-023-00099-5

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